コピーすること自体は、問題ありませんよ〜。

ただ、契約書の中で
「双方１通ずつ保有する」などといった具合に
原本保有せいと書かれていれば、
原本も保管しておく必要はあります。


それから、スキャナでの取り込みについては、
これも基本的には問題ありません。

しかし、契約書の中に
「もう一方は控えを保有する」
などと書かれていた場合には、
電子文書保存の条件を満たしていない限り、
コピー文書を書類としても残す必要があります。

そのため、
スキャナに取り込んで紙ベースのコピー文書を
残さないためには、
１．契約書の中に自社が原本保有（ｏｒ自社も原本保有）
　　とは書かれていないこと
２．電子文書保存の条件を満たしていること
の両方が必要となります。