>この場合の仕訳で
>交通費分に関しては支払報酬に含めて
>支払報酬21000円（税込）として計上してよいのでしょうか？

交通費を交通機関ではなくその司法書士さんに支払うのであればそうなりますね。

>また源泉税分は一旦預金計上し弊社から後日納付すれば
>良いのでしょうか？
>その場合、どのように納付すればよいのでしょうか？
>（納付の方法や、納付期限が知りたいです）

給与の源泉税を納付する納付書に「税理士等うんぬん」という欄がありますのでそこに書き込むことになります。つまり納付方法・納付期限は給与の源泉と同じということです。