Yuumiさん、おはようございます。

まず付加価値税/消費税については
商品でも消耗品でも何か取り寄せただけでも
輸入消費税とか仮払消費税でOKでしょう。

関税・消費税特別手配料は・・
私の場合・・
関税が発生していればそれは租税公課で
手配料は手数料で処理しています。

もちろん、品物が限定できるなら
取得原価に含めたり、仕入諸掛で処理するのもアリだと思います。
消耗品でも仕入れでもない場合は・・
やっぱり手数料かなー。