>貯蔵品であげる場合は、決算時(うちは12月決算です)にまとめて在庫をあげてしまうのでは、だめなのでしょうか?

考え方としては、私が前回書かせていただいたものとなりますが、
実務の上では事務が頻雑になることは間違いありませんので、
お書きの方法でも結果は同じことになりますのでOKだと思います。

また、後半部分の材料仕入等につきましては、
旅館業の経理方法を存じ上げませんので正解なのかは判りませんが、
製造部分と商品販売部分の区分けはしておいた方が、
後々帳簿を見たときにわかりやすい仕訳になると思われます。