最終的にはA社との話し合いと思いますが、ただA社から見れば、間違って勝手に先方から振り込まれた金額を返金する際に、その振込手数料をわざわざ負担する、というのはおかしいのでは、と思いますので、やはり9,370円から相殺してもらうべきものかと思います。
(それでなくても、A社にとっては余計な手間がかかる訳ですし)