予実比較表で大きな差異が生じても、
来期の予算書で正しいものを計上するしかないと思いますが、
誤りによる未計上の旨を説明をして
大丈夫かどうかは総会決議によるでしょう。
ただ気になるのは、予算書に計上されていない項目が
どのようにして執行されたかということですね。
予備費などで処理したのでしょうか?