やはり「報酬」が原因のようですね。それにしても普通は市町村役場でも給与支払報告書で「報酬」と書いてあっても「役員給与」として処理してくれますけどね・・・ よっぽど融通が利かないお役人だったのでしょうか。再提出するかどうかはその市町村役場へ問い合わせてみてください。再発行・再提出なら当該役員さんへも事情を説明して再交付してください(最初の分は廃棄してもらうように依頼)。

>今月職員の社会保険料の変更届を年金機構へ出します。もしかしてこちらは年末調整の社会保険料の徴収を変更し年末調整をすべきなんでしょうか。?…あっ!けど10月に変更があったので今月送ります因みに給与支払いは当月末日。確定適応通知はまだまだあとに届くはず…???

変更となる保険料を徴収するのが1月以降の支給となる給与からなら今年の年末調整の社会保険料控除分です。昨年の12月以前にさかのぼって徴収するなら年末調整のやり直しになります。