「一般的に」と言われても、そもそも工場内の神社にお賽銭箱があるのがあまり一般的ではないような気がしますが・・・

お賽銭をあげるのは従業員のみでしょうか、それとも外部(近所の住民も含む)の方々も含まれるのでしょうか?

「会費に計上」の会費とは何の会なのでしょうか?

以降は私見です。
工場内の神社にお賽銭箱があって現実にお賽銭が入っているとして、そのお賽銭を会社の収入とするのはなんとなく気持ちが悪い気がします。私が経営者なら全額どこかへ寄付してしまいますよ。その場合は会社としての会計処理が必要なのかどうかは会社の判断になります。もちろん会計処理をしない場合でも金額と寄付先は記録しないといけませんが。

会計処理をするのなら「雑収入」と「寄付金」でしょう。雑収入は非課税なのか不課税なのかは税理士さんにお尋ねください。

「会」というのが例えば親睦会なら親睦会への会費補助ということになるのでしょう。ただ「会費に計上」だけだと会社の収入ということになりませんか? 一旦「雑収入」で収入計上、「福利厚生費」で親睦会への補助金出費という形をとるべきだと考えますが(親睦会費は親睦会という別組織が管理している場合)。

質問の趣旨と異なっていたらごめんなさい。